在十一届三中全会上，陈云当选中共中央纪律检查委员会第一书记。会后，他面临着如何评价“文化大革命”及这一时期的人和事，如何处理林彪、江青两个集团的大量问题。当时曾经有两种认识：一种认为仍然是“无产阶级和资产阶级的阶级斗争”；另一种认为完全是林彪、江青野心家集团的犯罪内乱，只能通过审判处理。陈云提出了有独到见解的意见，他认为：

　　首先，要把毛泽东发动“文化大革命”的动机和后果区别开来。陈云说：“关于对‘文化大革命’的估计，毛泽东发动‘文化大革命’，主要是为了防止中国变修，出现像赫鲁晓夫那样的事件，最初也不是要搞那么大。这个问题需要作一个总结，总结时要很慎重，要把林彪、‘四人帮’等人的破坏作用估计进去。”他还说：“关于对毛泽东的评价问题。‘文化大革命’不能说毛泽东没有一点责任，但我们对毛泽东的评价不能像赫鲁晓夫对斯大林那样。在这个问题上，要平心静气，要掌握分寸，慎重考虑，不能感情用事。这不仅是中国的问题，也是世界的问题。”在指导起草《关于建国以来党的若干历史问题的决议》时，陈云又提出了增加建国前２８年历史的建议，对邓小平要求充分肯定毛泽东历史功绩的原则，给予了有力支持。

　　其次，要从制度方面认识发生“文化大革命”的原因。陈云说：“关于‘文化大革命’的经验教训，这关系到民主集中制。从七大到全国胜利前，我们党都很民主。建国初期，民主集中制也贯彻得很好。从１９５８年起，特别是１９５９年庐山会议，民主集中制传统被一点一点地破坏。在‘文化大革命’中，林彪说什么‘顶峰’、‘一句顶一万句’，民主集中制搞得很不好。这其中有许多帮倒忙的人。”后来，他又一针见血地指出：“实际上应该说，党内民主集中制没有了，集体领导没有了，这是‘文化大革命’发生的根本原因。”

　　再次，对“文化大革命”中犯错误的同志，要批评和帮助，树立正确的党内风气。在十一届五中全会上，有４位在“文化大革命”期间和其后两年犯有严重错误的政治局委员提出辞职。陈云指出，对这些同志应该全面地考查，既应看到这个同志犯了什么错误，也应该看到他在党内做过什么好事，还必须看到当时党内的整个情况。不赞成“扭住不放”，检讨没有完没有了。同时，他也严肃地指出，这些同志不要自己觉得委屈了，应该想一想我是否可以不犯这样的错误。

    　最后，对“文化大革命”中犯有罪行的人，也要区别对待处理。陈云曾对浙江省委书记铁瑛说：“处理‘四人帮’与处理林彪反革命集团要有区别，‘四人帮’这些人祸国殃民，‘文化大革命’十年干尽坏事。而在战争年代，他们也没有任何战功。林彪反革命集团则有些不同，他们主要是部队的。像黄、吴、李、邱他们，包括林彪，过去这些人都打过许多仗，也立过各种战功。他们现在犯了罪，应该处理，但与‘四人帮’应该有所区别。”即使对江青集团的首犯，陈云也不主张完全按刑事犯罪处理。审判“四人帮”前，中央政治局开会讨论，许多同志主张判江青死刑。陈云说：“不能杀，同‘四人帮’的斗争终究是一次党内斗争。”有人说：“党内斗争也可以杀。”陈云说：“党内斗争不能开杀戒，否则后代不好办。”事实证明，不杀的处理在国内外都收到了较好的效果。根据陈云的意见，最高人民法院特别审判庭对林彪、江青集团的审判名单，由原来的１００多人集中到１０个主犯。

　　“文化大革命”是一场人民内部矛盾和敌我矛盾相互交织、严重混淆的错误政治运动，延续时间长，规模大，解决起来很困难。陈云在复杂形势下善于冷静思考，关键时刻敢于挺身而出，正像他所说的“我是一方面小心谨慎，一方面又很硬”，为党和国家渡过急流险滩，走向胜利的彼岸，作出了重要的引导和支持。